El Santuario Nuestra Señora de Aguas Santas, que de acuerdo a una inscripción en la parte inferior de la imagen de la Virgen que lleva el mismo nombre, y que está ubicada en el interior de la iglesia, fue construida en el 1535. Según los historiadores su construcción fue inspirada en el Palacio Escorial español bajo el reinado de Felipe II. Refieren que desde que fue erigida esta iglesia ha sido el alma de la religiosidad y la fe de los residentes de la comunidad de Boyá, siendo el día más sobresaliente el 14 de agosto, cuando se celebra el Día de la Virgen de Aguas Santas, patrona del lugar. Esta iglesia, de arquitectura sencilla, en comparación con otros templos levantados durante la época de colonia, ha sido recatada en su decoración, aunque en sus inicios guardaba en su interior diversas piezas elaboradas con oro y plata. La iglesia Nuestra Señora de Aguas Santas, construida en ladrillo y adobe, al estilo de las demás edificaciones y monumentos de la época, ha resistido a través de los siglos las embestidas de huracanes y terremotos y, salvo contadas reparaciones hechas en fechas muy distantes, aún se mantiene imponente como testimonio imborrable del catolicismo español. La campana mayor, posiblemente sea la más antigua de cuantas se conservan en los templos del país y dicen que alguien la donó como ofrenda fervorosa a la Virgen. Se cree que este templo guarda los restos del cacique Enriquillo, y que en él fue bautizado Fernando Arturo de Meriño en 1833, quien más tarde ocuparía la Presidencia de la República en el período 1880-1882. La iglesia posee tres campanas: la más pequeña en la parte superior y dos a ambos lados. La menor tiene marcadas tres pequeñas aplicaciones rectangulares con las iniciales I.H.S., abreviaturas de las palabras latinas Lesus, Hominun Salvator.